Северната Базилика е една од трите ранохристијански цркви во Стоби кои имаат крстилници. Откриена е во 1937 година, а извесни ископувања се извршени и во 1955 година. Името го добива според тоа што се наоѓа на северниот крај од градот.

Базиликата има три кораба со отворен атриум на западната страна во кој се влегува преку скалила од улицата Via Principalis Inferior. Подот на атриумот е поплочен со плочи од песочник, а посебно интересен е малиот базен заграден со мермерни плочи над кои се издигнува триделна ниша. Од атриумот се влегува во нартексот на црквата и сите останати придружни простории.

Подот во наосот е од печени тули, а корабите се одвоени со колонади. Столбовите се поставени на стилобат изграден од мермерните седишта извлечени од театарот. 

На северната страна од црквата се наоѓа крстилница со шестоаголна писцина. Во крстилницата се влегувало преку мала квадратна просторија со мозаичен под. Оваа просторија е определена како катихуменион и таа комуницира со нартексот на базиликата. На мозаикот се преставени осум квадратни полиња врамени со јаже, а во полињата има претстави на птици и кантарос.

Црквата била изграден кон крајот на V или почетокот на VI век. Подоцна, во средниот век, просторот на руинираната базилика бил искористен за погребување. Тука се откриени гробови од ΙΧ – ΧΙΙ век и еден гроб од ΧΙV век во кои биле приложени околу 80 сребрени монети од српски владетели, а меѓу нив и  венецијански монети. Заедно со монетите е откриен и сребрен тас со релјефна декорација и можно западно потекло.