Историографските податоци и археолошките истражувања ни овозможуваат да изградиме соодветна историска слика за континуитетот на живеење во Стоби и настаните врзани за градот. 

Материјалните остатоци од архајскиот и класичниот период, откриени со археолошките истражувања, најверојатно го определуваат почетокот на живеењето во Стоби. Нивниот мал квантитет и недостатокот на пишани извори не дозволуваат некакви поконкретни заклучоци околу карактерот на населбата и нејзината големина.

Првите историографски податоци за Стоби ги среќаваме кај Тит Ливиј (59 г. п.н.е – 17 г. н.е.) и тие нè информираат дека во 197 г. п.н.е Филип V ги поразил Дарданците во близина на Стоби. Вториот податок зборува дека реката Еригон (Црна) се влева во Аксиос (Вардар) кај „стариот град“ Стоби. Третиот податок на Ливиј се однесува на римските освојувања во Македонија и 167 г. п.н.е. кога Стоби станува главен центар за трговија со сол во третата мерида. Со археолошките истражувања се лоцирани утврдената населба и некрополата од хеленистичко време со што е овозможено следење на континуитетот во развитокот на градот.

Трговијата со сол и поволната географска положба му овозможуваат на Стоби константен подем во вековите на римското владеење. Наоѓајќи се на крстопат помеѓу Вардарската магистрала и Дијагоналниот пат, Стоби прераснува во еден од најзначајните римски градови во Македонија. Од Ι – ΙΙΙ век, за време на pax Romana, Стоби доживува промена во урбанизацијата, демографска експанзија и ја достигнува најголемата површина во историјата на своето постоење. Во времето на Август, градот станува oppidum civium Romanorum, а подоцна и municipium. Иако автохтоното население е доминантно во Стоби, голем дел од граѓаните уживале Ius Italicum и припаѓале на трибите Aemilia и Tromentina. Во периодот на владеењето на Веспазијан (69 – 79 г. н.е.), Стоби започнува со ковање на бакарни монети за локална употреба кое ќе трае до Елагабала (218 – 222 г. н.е.).

Од раноримскиот период досега се откриени и документирани театарот, бедемот, Porta Sacra или Porta Heraclea, водоводот, синагогата, Casa Romana, делови од улици, делови од цивилната базилика и јавната градба со арки. Археолошките податоци кажуваат дека градот настрадал во втората половина на ΙΙΙ век. Иако не е исклучена можноста за земјотрес, овие деструкции вообичаено се поврзуваат со походот на Херулите и Готите во 267/69 г. кога настрадале и други градови на Балканот.

По катастрофата градот е обновен и во периодот од IV - VI век има доста промени во урбанизацијата. Најголемиот дел од објектите што денес се забележуваат на терен се изградени во овој временски интервал. На крајот од IV век или на почетокот од V век, на источната страна е подигнат нов бедем. Тој е изграден западно од стариот и поминува преку некои од раноримските градби од I - III век.

Еден од позначајните настани во историјата на доцноантичко Стоби е формирањето на христијанската заедница. Името на првиот епископ – Будиус е забележано на соборот во Никеја во 325 г., а од IV век датира и старата епископска базилика. Ова се најраните документирани манифестации на христијанството во Р. Македонија. Во 388 г. императорот Теодосиј го посетил Стоби и тука издал два едикта со кои се забранува собирање на еретиците и јавни дискусии за верата. Откриената сакрална архитектура во Стоби и посебно епископската базилика на епископот Филип, од почетокот на V век, зборуваат дека градот бил доста значаен  религиозен центар со воспоставени христијански традиции. Фактот што Стоби бил главен град на провинцијата Macedonia Secunda ги наведува некои од истражувачите да сметаат дека не бил само епископија туку имал и ранг на митрополија. Епископите од Стоби се среќаваат како учесници на христијанските собори се до крајот на VII век кога стобската епископија егзистирала само фиктивно.

Најпознатиот жител на Стоби живеел во V век. Неговотo име е Јован од Стоби (Ioannes Stobaeus) и е познат како антички автор кој составил антологија од четири книги со литература од Хомер па се до V век. Благодарение на неговото дело до денес се сочувани бројни извадоци од книги кои денес не постојат.

Во 447 г., Стоби, како и седумдесет други градови на Балканот, страда од Хуните. Овој настан, забележан во изворите, е документиран преку опожарените слоеви датирани со монети и откривањето на хунско оружје. Ова го означува почетокот на едни немирни времиња и постепеното умирање на градот.

Теодорих и Остроготите во 479 г. на патот кон Драч го ограбуваат Стоби, но овој напад немал такви последици како хунскиот и градот е обновен.

Преселбите на Словените и движењата на Аварите, Кутригурите и други племиња во текот на VI век ќе доведат до опустошување на градовите низ целиот Балкански полуостров. Истовремено се случуваат климатски промени кои негативно ќе се одразат на земјоделието и условите за живот. Од овие причини, кон крајот на VI век градот ќе биде напуштен, а празните објекти подоцна биле срушени од земјотрес. 

Во средниот век е забележано населување на Словените на овој простор, но без некој особен интензитет на живеење за што сведочат и откриените средновековни гробови.