Археолошкиот музеј од Скопје и Заводот за заштита на спомениците на СР Македонија во периодот помеѓу 1955 и 1969 г. повремено вршат археолошки истражувања во Северната базилика, Цивилната базилика, Куќата на псалмите,  Палатата на Перистерија и Театарот. Во ова време се изведуваат и првите конзерваторски зафати на Големата и мала бања, Куќата на псалмите, Централната базилика и синагога и Градската чешма.