80-тите години се обележани со археолошките истражувања на базиликите од страна на Блага Алексова како и конзервацијата на проучуваните објекти во Стоби водена од Ж. Винчиќ од Републичкиот завод за заштита на спомениците на културата.

Во 1992 и 1995 г. поради изградбата на автопатот, во организација на Републичкиот завод за заштита на спомениците на културата и Музејот на Македонија, се извршени заштитни ископувања на западната некропола при што се откриени 1501 гроб. За време на ископувањата од 1992 г. е откриена и Базиликата Extra Muros.

Во периодот од 2000 – 2002 г. е конзервиран и реставриран југозападниот бедем на градот. Конзерваторските работи се изведени од Републичкиот завод за заштита на спомениците на културата, а раководител е Зоран Георгиев.

Од 2000 г. од страна на Елеонора Петрова е отпочнат проект за истражување на предримско Стоби со финансиска помош на USAID.

Во 2005 г. Националниот конзерваторски центар изведува конзервација на Епископската базилика, Коцкарницата, Via Sacra, Полукружниот плоштад, Цивилната базилика, Палатата на Перистерија и Теодосијанската палата.

Од 2003 – 2008 година, со поддршка на CISS, Mузејот на Македонија ја истражува „Градбата со арки“ која е работно наречена „Римски форум“. Раководител на проектот е Мила Шурбановска.