Археолошките истражувања во 2012 година беа финансирани во рамките на капиталните проекти на Владата на Р. Македонија и се одвиваа на пет локации: Храмот, Театарот, Епископската базилика, Западната некропола и Полукружниот плоштад.
Истражувањата на просторот од храмот продолжија во квадратите северно и јужно од објектот. На северната страна, веднаш пред скалите на храмот се случи најголемото откритие, каде што на ниво на газење од V век беа документирани многу архитектонски елементи. Покрај деловите од тимпанонот и архитравните блокови, беше откриена и мермерна скулптура на Изида со натприродни димензии, што конечно ја разреши мистеријата на кое божество му бил посветен храмот. Скулптурата е откриена речиси 40 години по откривањето на натпис кој споменува постоење на sacrum Isidi во Стоби. Главата и рацете на божицата не се сочувани, а должината на остатокот од телото поминува 2 метри. Судејќи по стилот и сличноста со Изида од Капитолинскиот музеј, скулптурата веројатно припаѓа на времето на Хадријан. Веднаш под скулптурата, на оригиналното ниво на газење на храмот беше откриен олтарот. На просторот западно од скалите беа документирани две мермерни бази за скулптури или натписи. На јужната страна, пред влезот во подземните простории беше истражена жртвена јама со неколку керамички шишенца. Како посебен куриозитет во истражувањата на овој простор е наодот на стаклена чинија со релјефна декорација на која се претставени сцени од животот на Ахил. Чинијата е датирана кон на крајот од IV или почетокот на V век.
Истражувањата на театарот се одвиваа во источната половина на ima cavea. Целта беше да се истражи просторот помеѓу радијалните ѕидови, да се разбере процесот на изградба и воедно да се подготви теренот за почеток на конзервација. При ископувањата, на ѕидовите беа откриени црвени линии и римски броеви кои ги означуваат секвенците на градење и постепено полнење со земја, со цел да се создаде еден вид на вештачка тераса. Исто така, беа ископувани и централниот радијален коридор и двете соби источно и западно од него. Овие делови на театарот биле користени и во доцната антика како дел од новоизградените куќи. Најзначајното откритие е тоа што двете соби претставувале излези со скали кои воделе кон гледалиштето и централно поставената почесна ложа.
Слоевите под наосот на Старата епископска базилика беа ископувани со цел да се документира историјата на просторот и да се подготви теренот за враќање на мозаикот кој е отстранет во процесот на конзервација. Слоевите од доцниот хеленизам и августовскиот период откриваат дека во одредено време, тука постоеле скромни куќи кои биле зарамнети пред да биде изградена Старата епископска базилика. Со истражувањата не беа откриени податоци кои укажуваат на постоење на domus ecclesiae во периодот пред старата црква.
Со ископувањата на собите од комплексот кој го опкружува полукружниот плоштад беше откриен материјал од втората половина на VI век. Според наодите, може да се заклучи дека тие служеле како работилници или дуќани во последните години од животот на градот. Истражувањата на комплексот се одвиваа и во рамките на летната археолошка школа организирана од фондацијата Балканско наследство и НУ Стоби. Во школата учествуваа околу 30-ина студенти од различни земји во светот.
На Западната некропола беа ископувани 47 гробови. Најинтересно откритие беше гробот на војникот од I век п.н.е. Покојникот бил погребан со неговото железно копје, дрвениот штит со бронзено конично умбо и железниот бодеж. Покрај споменатите наоди, беше откриена и мала бронзена апликација со осумкрака ѕвезда.
Во 2012 беа реализирани вкупно шест проекти за конзервација, финансирани од Министерството за култура на Р. Македонија, капиталниот проект на Владата и интернационалната школа за конзервација на мозаици.
Во март беше започната финалната фаза од проектот за конзервација на Куќата со триклиниум. Во текот на овој и следниот месец беа конзервирани подовите во триклиниумот и двете отворени дворишта на куќата. Поголемиот дел од оштетените тули на подот во триклиниумот беа заменети со имитации од малтер кои се поиздржливи на временските услови. Старите тули се складирани и веројатно ќе бидат вратени назад по изградбата на покривна конструкција над објектот. Подовите беа конзервирани со употреба на оригиналните плочи од песочник поврзани со продолжен малтер. Останатите подови кои се направени од набиена земја, беа покриени со најлон и ризла со цел да се спречи никнувањето на вегетација.
Во текот на јуни и јули беа конзервирани и делумно реконструирани скалите, сводот и делови од ѕидовите на Храмот на Изида. Исто така, беше конзервирана и воедно реконструиран оштетениот дел на нишата во втората подземна просторија. Во процесот на конзервација беше користен оригиналниот камен врзан со продолжен малтер.
Во мај беше реализирана последната фаза од проектот за конзервација на мозаикот во триклиниумот од Куќата на Перистерија, кој потекнува од крајот на V или почетокот на VI век. Парчињата со заменет хидростатен малтер беа вратени на нивната оригинална позиција околу фонтаната на средината од просторијата.
Проектот за конзервација на мозаикот во нартексот од Епископската базилика започна со отстранување на мозаикот од неговата оригинална положба. Во текот на оваа фаза беше исчистена позадината на различните парчиња, а нова подлога ќе биде поставена во 2013 година.
Мозаикот во третата соба западно од перистилот на Тедосијанската палата, беше конзервиран и притоа поставен на панели од алуминиумско саќе. Парчињата беа вратени во оригиналната положба без да бидат поставени на плоча. Ова овозможува тие да бидат отстранети без оштетување во случај на ископување на слоевите под мозаикот. Овој конзерваторски зафат беше реализиран во рамките на Летната школа за конзервација на мозаици, организирана од фондацијата Балканско наследство и НУ Стоби. Во заштитата на мозаикот учествуваа студенти и волонтери од повеќе земји во светот.
Кај мозаиците од Синагогата и јужниот брод на Епископската базилика беше изведена превентивна конзервација. Овие мозаици биле кренати и конзервирани во текот на 70-тите. Оваа година беа фиксирани рабовите на различните парчиња како и олабавените тесери со што беше спречено понатамошно оштетување.
Големиот мермерен кантарос од крстилницата на Епископската базилика е откриен во 70-тите кога и бил конзервиран за прв пат. Во текот на 80-тите или 90-тите, садот бил скршен на повеќе парчиња, веројатно при несреќа за време на негово преместување. Во 2012 година, кантаросот беше реконзервиран и изложен во рамките на привремената изложба на фреските од Старата епископска базилика во галеријата на Народна банка.
Во текот на јуни, фондацијата Балканско наследство и НУ Стоби организираа интернационална школа за конзервација на керамички садови во која учествуваа интернационални студенти.
Покрај истражувањата и конзервацијата, НУ Стоби заедно со Народната банка на Р. Македонија ја организираше изложбата „Ранохристијанско ѕидно сликарство од Епископската базилика во Стоби“ која е резултат на проектот за конзервација на фреските финансиран од Амбасадата на САД во Р. Македонија. Во рамките на изложбата беше испечатена и мала публикација посветена на фреските и нивната конзервација.
Кон крајот на декември 2012 година, беше отворена традиционалната изложба „Археолошка Македонија“ во Музејот на Македонија. Во рамките на изложбата се презентирани артефакти од истражувањата на Стоби во 2012 година, како и артефакти од истражувањата во 2011 година кои беа конзервирани во текот на 2012 година.
Во текот на годината беше објавен повик за прибирање на трудови за четвртото издание на научното списание „Студии за старините во Стоби“ кое се очекува да биде испечатено во септември 2013 година.
Во декември, како дел од серијалот монографии во рамките на „Студии за старините во Стоби“, со финансиска подршка од винаријата Стоби, беше испечатена првата публикација Inscriptiones Stoborum од Славица Бабамова. Книгата ќе биде официјално промовирана во првата половина на 2013 година.
Организацијата и активностите на НУ Стоби беа презентирани на летната школа за музеологија во Пиран (Р. Словенија) и интернационалниот симпозиум “Archaeological Heritage – its Role in Education, Presentation and Popularization of Science” одржан во Виминациум (Р. Србија). Откритието на стаклената чинија со сцени од животот на Ахил беше презентирано на 19-иот симпозиум на International Association for the History of Glass (AIHV) во Пиран.
На покана од Американската амбасада во Р. Македонија, директорот на НУ Стоби учествуваше во International Leadership Program “Cultural Heritage Preservation” која опфаќаше предавања и посета на локалитети и музеи во повеќе градови низ САД.