Археолошките истражувања во 2008 година беа спонзорирани од Владата на Р. Македонија, а се изведени од Музејот на Македонија под раководство на Силвана Блажевска.

Со 9 лица стручен тим, 9 студенти и околу 70 работници, ископувањата се одвиваа на просторот наспроти античкиот театар, во правец кон двата бедеми на исток. Во текот на тримесечната работа е откриен Источниот внатрешен бедем во должина од 50 метри. Тоа е една импресивна градба, одлично зачувана во висина од 4,5 метри. Во неговата изградба јасно се забележуваат две градежни фази. Во постарата се вградени блокови и седишта од театарот со сочувани делови од натписи со имиња на видни семејства од градот. Во повисоките партии на ѕидот бил вметнат и појас од тули чии негативи во малтерот се добро документирани. Тулите недостасуваат затоа што биле реупотребени во други градби веднаш по рушењето на горните делови. Внатрешниот бедем во Стоби бил изграден кон крајот на IV век или пак почетокот на V век за заштита од варварските упади, но и поплавите од реката Црна. Наносите од овие поплави беа јасно забележани преку ископуваните слоеви од надворешната страна. 

Од внатрешната страна на бедемот беа истражени културни слоеви кои припаѓаат на V и VI век. Во тоа време, на овој простор биле градени сиромашни куќи и отпадни јами кои го обележуваат крајот на животот во градот.

Малку повнатре, кон театарот е откриена правоаголна градба градена од големи, убаво обработени блокови, со две подземни простории. Веројатно се работи за храм со хипогеум. Во текот на V и VI век, на ѕидовите од градбата се налепени ѕидови од сиромашни куќарки.

Движните наоди се состојат од бројни фрагменти од керамички садови типични за доцната антика, 142 монети, фрагменти од стаклени садови, разни предмети од метал, бројни фрагменти од архитектонски мермерни украси употребени секундарно во изградбата на бедемот и една мермерна глава на жена која датира многу порано, во I век н.е. Главата е откриена во една од отпадните јами.