Систематските археолошки истражувања на античкиот град Стоби во 2009 г., опфатија 6 сектори и вкупна површина од околу 9900 м². Проектот го реализираше Националната установа Стоби под раководство на диркеторот м-р Силвана Блажевска. Истражувањето е дел од капиталните археолошки проекти финансирани од Владата на Република Македонија. Применетата методологија на работа со Вилер-Кенјон систем на широк простор овозможи прецизно документирање на културните слоеви од раноримскиот, па се до рановизантискиот период. Покрај градбите, истражувањата дадоа огромен фонд на предмети, 3568 монети, околу 700 најразлични метални предмети, 150 теракотни фигурини, стакло, накит и стотици цели или фрагментирани керамични садови.

1. Во Храмот со хипогеум кој за прв пат беше откриен во 2008 год., се истражуваа двете засводени подземни простории, чии ѕидови се покриени со дебел слој малтер. Храмот е ограбен уште во антиката, а повторно бил „посетен“ во 19-от век. На просторот околу храмот се откриени бројни куќи со повеќе фази на изградба, датирани во периодот од 4 до 6 век од н.е. и голема правоаголна градба солидно ѕидана од тули и камен,  чие истражување следната година ќе ја дополни сликата за изгледот на југоисточниот дел од градот во раниот римски период.

Раководител на истражувањата беше Јован Радњански од НУ Стоби.

2. Истражувањата на античкиот Театар се одвиваа во источната половина на гледалиштето и скената, каде меѓу радијалните ѕидови беа откриени куќи изградени врз театарот во текот на 6 век од н.е., во време кога бил вон употреба. Прозорскиот капител декориран со христијански мотиви и обложен со тенка златна фолија во долната зона, припаѓа на апсидалниот ѕид на Епископската базилика. Големата кружна печка откриена во источниот дел од скенската зграда, покажува дека во 5 или раниот 6 век од н.е. тука постоела керамичарска работилница. Воедно, се дефинираше и субструкцијата на театарот, односно потпорните радијални ѕидови, двата ходници под гледалиштето и лежиштата на кои биле поставени мермерните седишта.

Истражувањата ги раководеше Гоце Павловски од НУ Стоби

3. Западната некропола на Стоби, пред Порта Хераклеја, претставува највозбудлив дел од годинешните истражувања. Откриени се вкупно 84 погребувања во неколку хоризонти, со различен ритуал и гробни конструкции, датирани во периодот меѓу втората половина на 2 век пред н.е. и 4 век од н.е. Гробот со 115 теракотни фигурини, гробот со урни и гробот на дамата се меѓу побогатите погребувања со изобилство на гробни дарови. Во периодот меѓу 4-от и 6-от век од н.е., на истиот простор било изградено доцноантичкото предградие со сиромашни куќарки чии остатоци се откриени врз некрополата.

Раководител на истражувањата во овој сектор беше Златко Кованцалиев од НУ Стоби.

4-5. Рановизантискиот град на Стоби од втората половина на 6 век од н.е. се истражуваше наспроти Епископската базилика, над Полукружниот плоштад. На простор од 4.500 м² е откриена целосната урбана структура на градот, со главната улица околу која се распоредени куќите, одвоени меѓусебе со тесни сокаци и мали плоштади. Повеќето од куќите се градени врз постари градби со многубројни фази и преградувања и со најразлични опуси на ѕидање. Изгледот на куќите и откриената покуќнина зборуваат за животот во Стоби на самиот крај, пред напуштањето на градот. Северозападниот бедем со петте нови квадратни кули, на кој се прилепени куќите, годинава е целосно откриен во должина од 324 м.

Истражувањата ги координираа Христијан Талевски од НУ Стоби, Димитар Николовски од НУ Стоби и Љубинко Ѓекиќ.

 6. Градбата со арки (т.н. Римски форум) која континуирано се истражува во последните пет години, годинава беше повторно атрактивна со својата грандиозност и прекрасните мозаични подови со геометриски мотиви изработени во техника opus sectile, откриени во двете апсидални простории. Мермерната скулптура на Афродита, откриена во големата сала, подарок на градот од непознат Стобјанин претставува вистинско ремек дело на римската уметност од 2 век од н.е.. Истражувањата беа проширени на делот северно од градбата, каде беше откриен дел од доцнантичкиот град со сиромашна архитектура.

Истражувањата во објектот ги раководеа Мила Шурбановска од Музејот на Македонија и д-р Антонио Јакимовски од Институтот за историја на уметноста и археологија на Филозофскиот факултет во Скопје.