Во текот на 2013 година, Националната установа Стоби реализираше 3 проекти за археолошки ископувања и 8 проекти за конзервација на недвижно и движно археолошко наследство.

Првите ископувања се одвиваа на театарот и западната некропола во текот на април, мај и јуни како дел од капиталните проекти за археолошки истражувања финансирани од Владата на Република Македонија. На Западната некропола беа откриени вкупно 13 гробови, а акцентот на истражувањата беше ставен на улицата која излегува од Порта Хераклеја и води кон југ. Со оглед на тоа што гробовите се поставени од двете нејзини страни, беа откриени нови значајни податоци за формирањето и организацијата на некрополата. Во ископуваните гробови како гробни прилози се документирани керамички садови, еден стаклен сад, повеќе теракотни фигурини и два железни стригилиси.

Ископувањата на театарот беа сконцентирани во источната половина на централниот циркуларен коридор во должина од 35 метри и широчина од 2,5  метри. Во коридорот беа истражувани населбинските слоеви од доцната антика и средниот век. Интересен е податокот дека коридорот се користел како дел од живеалиштата кои биле подигнати на просторот од театарот во текот на 6 век и подоцна во текот на 11-12 век. За потребите на овие куќи секундарно се пробиени 4 посебни влезови помеѓу радијалните ѕидови од долниот сегмент на гледалиштето. Височината на коридорот од оригиналното подно ниво изнесувала околу 6 метри, па така за 2014-та година остануваат да се истражат уште околу три метри од стратиграфијата на доцноантичкото живеење.

Во текот на јуни во Стоби беа организирани работилници за конзервација на керамика и мозаици како резултат на соработката со фондацијата Балканско наследство од Стара Загора. Во двата проекта партиципираа учесници од различни земји во светот кои поминаа низ основна обука за конзервација и изработка на адекватна документација. Во текот на 15 дена беа конзервирани 19 римски садови и делови од мозаикот од Старата епископска базилика.

Паралелно со досега споменатите проекти се одвиваа и проектите за конзервација на метални предмети, стакло, керамика и камен. Сите 4 проекти беа финансирани од Министерството за култура во рамките на годишната програма за 2013-та. За време на проектите беа конзервирани 42 метални предмети меѓу кои и железниот ламеларен панцир составен од 322 парчиња и фрагменти (откриен во 2009 година, во Куќата со триклиниум во контекст од втората половина на 6 век), 41 предмет од категоријата камена пластика каде најинтересни се мермерните релјефи со претстава на грифони (откриени во Коцкарницата во 2005 година), 22 стаклени садови откриени во кампањите на Западната некропола во 1992 и 1995, како и 84 керамички садови од кои најголемиот дел се откриени во 2011 година во печката за керамика од 1 век н.е., на просторот под мозаикот во Куќата на Перистерија.

Во текот на јуни, јули и август се реализираше првата етапа од проектот за конзервација на мозаикот од Старата епископска базилика кој е отстранет од оригиналната положба уште во 1991 година, а старата подлога е исчистена во 1992 година. Во 2013-та, 72 парчиња беа излиени во нов варов малтер и фиксирани на подлога од алуминиумско саќе. Проектот беше финансиран од сопствените приходи на НУ Стоби. Враќањето на мозаикот во наосот на базиликата е предвидено за 2014-та година.

Во текот на август се одвиваше вториот проект за археолошки истражувања во рамките на Интернационалната теренска школа за археологија, исто така организирана во соработка со Балканско наследство. Во текот на две сесии од по 15 дена, партиципиентите од неколку земји директно учествуваа во ископувањето и документирањето на две простории од втората половина на 6 век во близината на Порта Хераклеја. Особено интересно откритие се трите детски гроба вкопани во земјените подови на просториите.

Во август и септември се одвиваше проектот за археолошки ископувања на темелните партии на западната страна од Храмот на Изида. За време на истражувањата беа документирани слоевите од периодот пред изградбата на објектот кога на просторот бил исфрлан отпад. Помеѓу доминантниот материјал од 1 век н.е. се среќаваат и мал број на наоди од железното време (7 век п.н.е.), класичниот (4 век п.н.е) и хеленистичкиот период (3-2 век п.н.е.). Посебно интересно е што покрај керамиката од 1 век од н.е., во слоевите се откриени и поголем број на фрагменти од фрески од истиот период.

Почетната фаза од проектот за конзервација, реставрација и реконструкција на источната половина на ima cavea на театарот во Стоби се одвиваше во текот на октомври и ноември. Беа конзервирани и реконструирани оштетените делови на радијалните ѕидови, вториот циркуларен ѕид, како и сводовите врз кои се формирани лежиштата за седишта. Проектот е финансиран преку Годишната програма на Министерството за култура и ќе продолжи во 2014-та.

Во октомври, во Куршумли ан во Скопје беше промовирана и првата монографија во рамките на Студии за старините во Стоби. Inscriptiones Stoborum од Славица Бабамова е сеопфатен корпус кој ги обработува сите досега откриени натписи на локалитетот.

Како дел од програмата Љубљана процес II на Европската унија, помеѓу август и ноември беше реализиран мал грант за проектот „Прелиминарни истражувања во Епископската базилика и крстилницата“. Проектот опфаќаше гео-скен на просторот околу базиликата, хемиска анализа на малтерот од ѕидовите и ласер-скен документација на јужниот ѕид од базиликата.

Во декември, во Музејот на град Скопје беше отворена изложбата „Археологија 2007 - 2013“ која претставува ретроспектива на најинтересните наоди од истражувањата во Република Македонија помеѓу 2007 и 2013 година. НУ Стоби изложи материјал од ископувањата во тековната година, како и материјал од минатите години кој беше конзерваторски третиран во 2013-та.